En mis clases de Java de la universidad, para hacer puntos extra en un proyecto final por equipos se tenía que entregar un ejecutable .jar. Mi compañero de equipo encontró la manera de como crearlo.

Crear un .jar

En un solo directorio poner al menos todos los archivos .class del programa.

Crear un archivo myManifest (no lleva extención de archivo) con el siguiente contenido:

Manifest-Version: 1.0 
Main-Class: MyMainClass

MyMainClass es el nombre de la clase que tiene el método main.

Abrir una terminal y posicionarla en la carpeta donde están los .class y myManifest, después escribir:

jar cvfm myResult.jar myManifest *.java *.class

Fuente: cis.upenn.edu — CIT 597 Executable .jar Files